目前中心共有12个职能部门和13个科研团队。职能部门分别为党政办公室(保密办)、发展规划部、财务部、人力资源部(组织统战部)、科技与系统工程部、质量适航安全部、采购与资产管理部、公共关系部(宣传文化部)、监督检查办公室(法律审计部)、委员会办公室、工会、团委,其中采购与资产管理部下设基建管理办公室;科研团队分别为平台集成部、气动与声学研究部、动力学研究部、数字仿真与信息技术实验室、复材技术中心、结构完整性研究部、先进材料结构实验室、多电综合研究部、先进航电研究部、多电航电综合实验室、增材制造技术应用研究中心、人工智能创新中心、新技术探索研究中心。